จำเป็นต้องทำความสะอาดเมล็ดพืชน้ำมันเพื่อกำจัดก้านพืช โคลนและทราย หินและโลหะ ใบไม้ และวัสดุแปลกปลอมก่อนทำการสกัดเมล็ดน้ำมันโดยไม่เลือกอย่างระมัดระวังจะเร่งการสวมใส่อุปกรณ์เสริม และอาจทำให้เครื่องเสียหายได้โดยทั่วไป วัสดุแปลกปลอมจะถูกแยกออกด้วยตะแกรงแบบสั่น อย่างไรก็ตาม เมล็ดพืชน้ำมันบางชนิด เช่น ถั่วลิสง อาจมีก้อนหินซึ่งมีขนาดใกล้เคียงกับเมล็ดพืชจึงไม่สามารถแยกออกจากกันได้ด้วยการคัดกรองเมล็ดพันธุ์ต้องแยกออกจากหินโดยผู้ทำลายอุปกรณ์แม่เหล็กจะขจัดโลหะปนเปื้อนออกจากเมล็ดพืชน้ำมัน และเปลือกจะใช้เพื่อแยกเปลือกของเมล็ดพืชน้ำมัน เช่น เมล็ดฝ้ายและถั่วลิสง แต่ยังใช้ในการบดเมล็ดพืชน้ำมัน เช่น ถั่วเหลือง